Le 24 mai 1985, la Fondation Pro Musica a remis officiellement et solennellement l’Acte de propriété de l’orgue de l’église des Jésuites à la République et Canton du Jura, par les mains du Président du Gouvernement, Monsieur Jean-Pierre Beuret, à la condition suivante:
« L’Etat jurassien est tenu de préserver l’instrument tout en veillant à ce qu’il ne soit pas modifié. »
Dix ans après l’inauguration, grâce à une initiative privée, l’église des Jésuites à retrouvé son espace originel, débarassée de la machinerie de scène qui occupait près de la moitié du volume. Jürgen Ahrend, de passage à Porrentruy, a pu confirmer le bien fondé de cette action qui depuis lors permet à l’instrument de s’épanouir dans une acoustique optimale.
De 1985 à 2010, Paul Flückiger a assuré le rôle de responsable de l’orgue. Dès 2010, Gabriel Wolfer assure cette charge.